Im Frühjahr 2014 wurde die erste deutsche Zöliakie-Leitlinie der Deutschen Gesellschaft für Verdauungs- und Stoffwechselkrankheiten (DGVS) veröffentlicht. 2021 wurde diese aktualisiert. Die europäische Gesellschaft für Kindergastroenterologie (ESPGHAN) hat schon seit Jahrzehnten Leitlinien zur Diagnostik der Zöliakie formuliert. 2012 wurde die erste Aktualisierung publiziert, die die Diagnosestellung ohne eine Biopsie unter bestimmten Voraussetzungen ermöglicht. 2020 gab es auch bei dieser nochmal eine Überarbeitung .
Leitlinien helfen, die Diagnostik zu vereinheitlichen und in schwierigen Situationen einen Anhalt für das weitere Vorgehen zu geben. Die behandelnden Ärzte und Betroffene können diese auf den Internetseite der DGVS bzw. AWMF und der ESPGHAN (nur in Englisch) abrufen.